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Yaxin-1165/1168荧光动力学测量系统数据导出与整理的方法

 更新时间:2024-04-25 点击量:446

本文档适用于北京黄金城集团科技有限公司生产的Yaxin-1165植物荧光动力学测量系统与Yaxin-1168藻类荧光动力学测量系统的数据整理功能。主要包括数据传输、电脑端(上位机软件)查看、导出、在EXCEL中重整理等过程。


1.数据导出


首先连接仪器与电脑的传输线,其次在仪器端点击【数据管理】,进入下一界面再点击【数据传输】。接下来有两种模式可供用户选择,分别是【虚拟U盘模式】和【转存到SD卡】,两个模式选择其中一个方式即可完成数据传输。



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1.1 数据传输


【虚拟U盘模式】:选择【虚拟U盘模式】后,用数据线连接电脑,电脑会自动弹出U盘。打开U盘后,可以显示已经保存的文件,最新日期的文件为最后一次导出的数据,将文件复制在电脑目标文件夹下,后使用 PrjYG2021DV数据传输软件查看数据。

注:在荧光仪主机的数据查看与删除功能详见说明书,该处不做介绍。


2  数据查看
2.1 PC端文件打开操作
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图2.1 PrjYG2021DV软件截图


PrjYG2021DV数据传输软件为Yaxin-1165植物荧光动力学测量系统配套的数据传输软件,双击打开即可进入软件,软件图标如图2.1。



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图2.2 数据传输界面


操作界面如图2.2,包括软件名、表格/曲线查看模式、参数列、给光模式、 测量类型和文件名等信息,软件右侧第一列点击【打开文件】。



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图2.3 文件打开


界面弹出“打开文件"的界面,如图2.3,选择需要查看的文件(文件格式“.bin"),双击即可在软件中查看。


2.2 单个“OJIP测量"的表格和图片查看


以OJIP为例,在“测量类型"中选择“OJIP",文件名框中则出现测量OJIP的各个文件,单击选择可进行查看。在表格/曲线查看模式中可选择查看类型,表格模式如图2.4,曲线模式如图2.5。



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图2.4 OJIP表格模式                    

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图2.5 OJIP曲线模式
2.3 多个“OJIP测量"的表格数据和图片查看


在表格模式下的OJIP模块,按住Ctrl键可以多选文件名框中的文件进行数据查看,可以用来比对多项OJIP数据,表格模式如图2.6。在曲线模式下的OJIP模块,按住 Ctrl键可以多选文件名框中的文件进行曲线查看,比对多条OJIP曲线差异,曲线模式如图2.7。



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图2.6 多个OJIP表格模式                    

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图2.7 多个OJIP曲线模式
2.3 多个“脉冲瞬态荧光动力学" 的表格数据和图片查看


在表格模式下的脉冲瞬态荧光动力学模块,按住 Ctrl 键可以多选文件名框中的文件进行数据查看,可以用来比对多项脉冲瞬态荧光动力学数据,表格模式如图2.8。在曲线模式下的脉冲瞬态荧光动力学模块,按住 Ctrl 键可以多选文件名框中的文件进行曲线查看,由于脉冲瞬态荧光动力学数据较多,需要在操作栏中选择一项数据进行比对,曲线模式如图2.9。


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图2.8 多个脉冲瞬态荧光动力学表格模式                    
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图2.9 多个脉冲瞬态荧光动力学曲线模式
3  数据导出


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图3.1 OJIP测量模式下的表格查看界面


在表格模式下如图3.1,选择文件后,点击表格上方的【保存表格】,可将表格中的数据(呈现在软件表格中的数据,换言之计算值)以.csv格式保存到PC端,后续用Excel即可查看或编辑。

选中文件后,点击文件名框右侧的【另存为】—【保存选中的数据(表格形式)】,(如图3.2)可将对应文件的原始数据以.csv格式保存到 PC 端,后续用Excel可以根据导出的数据作图。

注意:【保存表格】和【另存为】这两个途径均可以导出csv格式的数据。【保存表格】方式导出的是呈现在软件表格中的数据。【另存为】导出的是原始数据,原始数据为随时间推移的荧光值,如第一列是时间,第二列是荧光值。【保存表格】包括部分测量值和全部计算值。【另存为】导出的数据没有计算值,是实测值。



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图3.2 储存方式


选择【保存所有测量类型数据】、【保存当前测量类型数据】、【保存选中的数据】这三个选项所保存的数据均为.bin格式,该格式不能用 Excel 表格正确读取,只能用我司配套的软件打开。


4  数据重整理
4.1导出数据如何手工绘制OJIP曲线


找到【另存为】导出的格式为.csv的文件,用EXCEL打开该文件,选中Times(时间)及D1(荧光值)的所有数据如图4.1所示。



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4.1 csv文件数据框选


点击工具栏中的插入界面,进入图标栏,插入带平滑线的散点图,即可得到图4.2。


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4.2 带平滑线的散点图


随后对该图片中的横坐标进行“对数化"处理。点击带平滑线散点图的横坐标数字,出现操作界面,在界面中点击对数刻度,如图4.3,即可得到OJIP曲线,如图4.4。



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4.3 对数化处理
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4.4 绘制OJIP曲线
4.2导出数据如何绘制脉冲瞬态荧光动力学曲线?


脉冲瞬态荧光动力学曲线俗称“荧光曲线",该曲线指的是在饱和脉冲与作用光相互的作用下,荧光值随时间变化的曲线。如何绘制呢?

在表格模式下如图4.5,选择要保存的脉冲瞬态荧光动力学数据,点击右侧的【另存为】,可将表格中的数据以.csv格式保存到PC端,后续用Excel即可查看或编辑,选择存储方式如图4.6。



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4.5 表格模式另存为
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4.6 选择储存方式


找到保存的格式为.csv的文件,如图4.7。

第一行分别为文件名,日期、时间、测量项(slowkin)及设定的参数SL=8000,n=6,AL=400。

第二行是数字,每个数字代表一个给光阶段,如1代表饱和脉冲,2代表光化光,3代表再次饱和脉冲,4代表再次光化光阶段。

第三行分别给出该阶段所用光照的强度。OJIP(8000/1s)代表饱和脉冲的强度和时间,PulseMeas(AL400:30s)代表光化光的强度和时间。

第四行time代表时间,D1和D2代表实测的数据。



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4.7  excel打开csv格式的脉冲瞬态荧光动力学原始数据文件


绘制脉冲瞬态荧光动力学曲线(荧光值随时间变化的曲线)时,表格中的数据按照每个阶段成一列给出。如第一个饱和脉冲为如图4.7第1和2列,第一个光化光数据为第3-5列,以此类推。建议选择饱和脉冲中的最大荧光值即Fm(Fm’)和光化光的所有值,按照时间先后排序为一列作图即可。

以六次饱和脉冲光为例,建议制作脉冲瞬态荧光动力学曲线x轴时间选取数据共157个,选取0.5 s、1-30s、30.5s、31-60s、60.5s、61-90s、90.5s、91-120s、120.5s、121-150s、150.5s,选择好后排为一列作图。

具体时间分别为500ms、1s、2 s、3 s、4 s、5 s、6 s、7 s、8 s、9 s、10 s、11 s、12 s、13 s、14 s、15 s、16 s、17 s、18 s、19 s、20 s、21 s、22 s、23 s、24 s、25 s、26 s、27 s、28 s、29 s、30 s、30.5 s、31 s、32 s、33 s、34s、35s、36 s、37 s、38 s、39 s、40 s、41 s、42 s、43 s、44 s、45 s、46 s、47 s、48 s、49 s、50 s、51 s、52 s、53 s、54 s、55 s、56 s、57 s、58 s、59 s、60 s、60.5 s、61 s、62 s、63 s、64 s、65 s、66 s、67 s、68 s、69 s、70 s、71 s、72 s、73 s、74 s、75 s、76 s、77 s、78 s、79 s、80 s、81 s、82 s、83 s、84 s、85 s、86 s、87 s、88 s、89 s、90 s、90.5 s、91 s、92 s、93 s、94 s 、95 s 、96 s 、97 s 、98 s 、99 s 、100 s、101 s 、102 s 、103 s 、104 s 、105 s、106 s、107 s、108 s、109 s、110 s、111 s、112 s、113 s、114 s、115 s、116 s、117 s、118 s、119 s、120 s、120.5 s、121 s、122 s、123 s、124 s、125 s、126 s、127 s、128 s、129 s、130 s、131 s、132 s、133 s、134 s、135 s、136 s、137 s、138 s、139 s、140 s、141 s、142 s、143 s、144 s、145 s、146 s、147 s、148 s、149 s、150 s、150.5 s。

将所选取的时间点作为x轴坐标数据,在导出表格中其所对应的D1数据为y轴数据,新建excel表格粘贴两组数据,框选两组数据,点击工具栏中的插入界面,进入图标栏,插入带平滑线的散点图。


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4.8  excel完成的脉冲瞬态荧光动力学曲线图


以上内容为Yaxin-1165植物荧光动力学测量系统与Yaxin-1168藻类荧光动力学测量系统的数据整理功能。尤其重点介绍了数据导出后如何在EXCEL中根据数据绘制图形等过程。其他部分可以详见产品使用指南。


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黄金城集团针对数据整理也推出了视频版,可以在我司或公众号跟着视频学习。此外,对于有需要原始数据表格模板的同学,或对我司叶绿素荧光动力学测量系统应用指南(实验指导)感兴趣的同学,可以联系我司工程师,一对一传送。